晨曦书院实行院务委员会领导下的院长负责制，设院长、副院长及党总支书记等管理岗位，下设党建思政、学业发展、学生事务、文化活动与综合服务等职能板块。书院以导师队伍、辅导员队伍与学生自治组织协同发力，形成“管理—育人—服务”一体联动的组织架构，保障书院各项工作规范有序、高效运行。